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在质量管控体系方面，宁化睡莲种苗基地建立了全流程的质量管控机制，从育种材料选择到种苗出圃，每个环节都进行严格检测。在育种阶段，对育种材料进行基因检测，确保其遗传特性稳定；在繁殖阶段，定期对种苗进行病虫害检测，采用 PCR 检测、宁化ELISA 检测等技术，检测是否携带病毒、宁化当地细菌等病原体；在种苗出圃前，对种苗的形态指标（根系长度、宁化叶片数量、宁化当地芽点饱满度）、宁化生理指标（叶绿素含量、宁化本地根系活力）进行检测，只有符合质量标准的种苗才能出圃。同时，基地还建立了种苗追溯体系，为每一批种苗建立档案，记录种苗的品种、宁化繁殖时间、宁化本地检测结果、宁化本地销售去向等信息，便于客户追溯种苗来源，保障客户权益。
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在定植准备工作方面，首先需准备种植容器与土壤，家庭种植可选用口径 20-40cm、宁化本地深度 30-50cm 的无孔花盆，园林或生态工程种植可直接选用塘泥或专用种植袋；土壤选择肥沃、宁化本地疏松的塘泥，若塘泥黏性过大，可加入适量河沙改善透气性，塘泥需提前暴晒 2-3 天，消毒杀菌，避免携带病菌或虫卵；其次，对宁化睡莲苗进行预处理，检查苗的根系与叶片，去除腐烂的根系、宁化本地破损的叶片，用多菌灵溶液浸泡根系 10-15 分钟，晾干后即可定植。
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